A gyermekkori fejlődési rendellenességek, szerzett betegségek műtéti kezelésére a gyermeksebészet szakosodott. A gyereksebész leggyakoribb általános beavatkozásai közé tartoznak a gyermek- csecsemőkori lágyéksérv, köldöksérv, vízsérv, nyaki ciszta, elálló fül, pilorus sztenozis, vakbél gyulladás, invagináció korrigálását szolgáló műtétek. Az újszülöttsebészet körén belül leggyakrabban végzett műtét például a duodenum atresia, illetve egyéb veleszületett bélelzáródás, rekeszsérv, mekonium ileusz, omphalocele (omfalokéle), gastroschisis (gasztrosízis), az oesophagus atresia (özofágusz atrézia azaz nyelőcső elzáródás). Az ajakhasadék (nyúlszáj), szájpadhasadék (farkastorok), az ajak- és szájpadhasadékhoz tartozó orrdeformitás sebészete is a gyermeksebész feladata. A szájpadhasadék okozta beszédhiba sikertelen logopédiai kezelés után műtét segítségével javítható. A gyermekurológia leggyakoribb műtétei a phimozis (fimózis, fitymaszűkület, vagy tévesen fitymatúltengés) miatt végzett fityma plasztika, vagy circumcisio (körülmetélés), a retentio testis (rejtett here, ingahere), varicocele (varikokéle), hydrocele (hidrokéle), hypospadiasis (hiposzpadiazis), vesico ureteralis reflux, PU stenosis, UV stenosis. A laparoszkópia lehetővé teszi, hogy bizonyos esetekben a gyereksebész a beteg hasának felmetszése nélkül bizonyos műtéteket végezzen.